ntfs

ciao a tutti, non mi so spiegare questa cosa:
ho 2 hard disk uno da 80 gb sul canale secondario ide e l'altro di 300 gb sul canale primario. in questi 2 hard disk sono installati rispettivamente windows 2000 in fat32 e nel secondo hard disk windows xp , windows vista e altro windows 2000 e fin qui tutto bene...
La cosa strana č che se avvio windows 2000 o xp dal secondo hard disk tutto bene mentre se avvio il windows vista(provato anche windows 7) mi succede che la partizione del primo hard disk incomincia a dire tabella file master MFT non valida e dice descrittori di protezione /sid corretti ...... perņ mi č saltato il sistema operativo...Ora mi viene il dubbio che il problema sia provocato dalla formattazione ntfs di windows 2000 versione 5.1 non compatibile con windows vista/7 che utilizza ntfs 6.1 che ne pensate?